Wspólnota Odnowy w Duchu Świętym Miłosierdzie istnieje od 37 lat. Pierwsze spotkanie wspólnoty miało miejsce 20 września 1985 r. w kaplicy-baraku. Pierwszym opiekunem wspólnoty był ks. Józef Pietuszko (obecnie na misjach w Białorusi). Wspólnota liczy aktualnie ok. 50 osób.
Członkowie wspólnoty spotykają się w każdy wtorek o godz. 19.00 w kaplicy bł. Jerzego Matulewicza.
Plan spotkań:
I wtorek miesiąca - modlitwa i adoracja Najświętszego Sakramentu
II wtorek miesiąca - msza Św. z modlitwą o uzdrowienie w górnym kościele
III wtorek miesiąca - modlitwa i katecheza
IV wtorek miesiąca - modlitwa i grupy dzielenia w dolnym kościele
V wtorek miesiąca - modlitwa i agapa w Sali Aniołów
Wspólnota Miłosierdzie co roku organizuje Rekolekcje Ewangelizacyjne Odnowy. Odbywają się od  października do grudnia. 
I poniedziałek miesiąca - Diakonia Modlitwy Wstawienniczej posługuje indywidualną modlitwą nad osobami w potrzebach swoich lub bliskich.
III piątek miesiąca - Diakonia Modlitwy w Intencji Ochrony Życia od poczęcia do naturalnej śmierci modli się na mszy św. o godz. 18.00 w górnym kościele i prowadzi adorację Najświętszego Sakramentu w tych intencjach do godz. 21.00
Poza tym organizujemy wspólne wyjazdy i pielgrzymki.
Wszystkich zainteresowanych, chętnych do przyłączenia się do wspólnej modlitwy z rozważaniem Słowa Bożego, zapraszamy na spotkanie w każdy wtorek o godzinie 19.00 
Opiekun: ks. Zbigniew Grygorcewicz MIC.
Odpowiedzialna: Anna Więckowska.
Odnowa w Duchu Świętym Wspólnota „Miłosierdzie”
40 lat istnienia: 1985 - 2025
Wspólnota Odnowy w Duchu Świętym „Miłosierdzie” została powołana do istnienia w 1985 roku. Pierwsze spotkanie Wspólnoty odbyło się 20 września 1985 roku w baraku, w którym znajdowała się wówczas kaplica parafialna (kościół w tym czasie był w budowie). W pierwszym spotkaniu uczestniczyło 6 osób. Założycielem i pierwszym liderem Wspólnoty był, nieżyjący już, ś.p. Jerzy Pejs. ś.p. ks. Tadeusz Mierzwiński, ówczesny proboszcz Parafii Najświętszej Marii Panny Matki Miłosierdzia, przyjął z aprobatą i wielką radością nowo powstałą Wspólnotę, którą też pobłogosławił na nowe dzieło. Pierwszym opiekunem duchowym Wspólnoty był ks. Józef Pietuszko (1985-1990), który jednocześnie pełnił posługę kapelana w Instytucie Neurologii i Psychiatrii. Podczas rekolekcji oraz dni skupienia Wspólnota, wraz z ówczesnym księdzem opiekunem, liderem i animatorami, rozeznawała swój charyzmat, którym stała się modlitwa za osoby chore i cierpiące. Członkowie Wspólnoty rozpoczęli wówczas posługę w Instytucie Psychiatrii i Neurologii przy ul. Jana III Sobieskiego 9, która trwa do dziś. We Wspólnocie powstała również Diakonia Miłosierdzia - członkowie Wspólnoty opiekowali się osobami chorymi i potrzebującymi pomocy. Biorąc pod uwagę rozeznany charyzmat i posługę oraz patronkę parafii, którą jest Najświętsza Maryja Panna, Matka Miłosierdzia, Wspólnota po modlitwie i czuwaniu w Sanktuarium Matki Bożej Licheńskiej Bolesnej Królowej Polski przyjęła nazwę „Miłosierdzie”.
Wspólnota od początku swojego istnienia spotyka się we wtorki o godz. 19:00 na modlitwie uwielbienia Boga i przyzywaniu Ducha Świętego. Animator prowadzący spotkanie modlitewne rozeznaje Słowo Boże po uprzedniej modlitwie o światło i prowadzenie Ducha Świętego. Na każdym spotkaniu inny animator prowadzi modlitwę, w którą włącza się Wspólnota, czytamy i rozważamy Słowo Boże, które jest integralną częścią spotkania – do każdego rozważania fragmentu Pisma Świętego komentarz wygłasza ks. Zbigniew Grygorcewicz, obecny opiekun Wspólnoty - na przestrzeni lat czynili to również inni opiekunowie Wspólnoty. Osoby obecne na spotkaniu odpowiadają na Słowo modlitwą uwielbienia, prośby, dziękczynienia Duchowi Świętemu za Jego prowadzenie. Modlą się również, prosząc o Dary i Charyzmaty dla Wspólnoty. W trakcie spotkania wysłuchujemy również świadectw osób, które doświadczyły w swoim życiu, w swojej codzienności spotkania z żywym Bogiem i Jego żywym Słowem. Raz w miesiącu Wspólnota w ramach spotkania modlitewnego adoruje Pana Jezusa w Najświętszym Sakramencie, modląc się za księdza proboszcza i wszystkich kapłanów obecnie posługujących w parafii oraz byłych opiekunów Wspólnoty, za wszystkie osoby świeckie pracujące w parafii, za parafian, za wszystkich członków Wspólnoty oraz za wszystkich chorych, którzy polecają się naszej modlitwie. Obejmujemy również naszą modlitwą członków Wspólnoty, którzy odeszli już do wieczności.
Wspólnota od początku swojego istnienia posługiwała modlitwą wstawienniczą - kiedyś była to posługa dla członków Wspólnoty, zaś obecnie Wspólnota na stałe posługuje modlitwą wstawienniczą dla parafii w każdy pierwszy poniedziałek miesiąca w kaplicy bł. Jerzego Matulewicza wraz z obecnym opiekunem, ks. Zbigniewem Grygorcewiczem.
W lutym 1996 roku Wspólnota wraz z ówczesnym opiekunem, ks. Wojciechem Skórą, rozpoczęła Rekolekcje Ewangelizacyjne Odnowy dla Parafii i członków Wspólnoty. Za zgodą i wsparciem obecnego proboszcza parafii, ks. Marka Otolskiego, Rekolekcje Ewangelizacyjne Odnowy są prowadzone rokrocznie do chwili obecnej. Również z inicjatywy obecnego ks. proboszcza Rekolekcje Ewangelizacyjne Odnowy poprzedzone były świadectwami członków Wspólnoty podczas niedzieli ewangelizacyjnej – podczas kolejnych mszy każdy dzielił się doświadczeniem obecności Boga w swoim życiu i we Wspólnocie.
Od 1996 roku rokrocznie do dnia dzisiejszego Wspólnota prowadzi czuwanie w Wigilię Uroczystości Zesłania Ducha Świętego.
Na przestrzeni lat, po uprzednim rozeznawaniu na modlitwie i czuwaniu, dzieł, do których wzywa nas nasz Pan Jezus Chrystus, Wspólnota podejmuje dzieło modlitwy w intencji ochrony życia od poczęcia do naturalnej śmierci, uczestnicząc we Mszy Świętej i Adoracji Najświętszego Sakramentu w tej intencji w każdy trzeci piątek miesiąca.
Od 2008 roku Wspólnota bierze udział we Mszy Świętej i Adoracji Najświętszego Sakramentu z modlitwą o uzdrowienie dla parafian i osób spoza Parafii w każdy drugi wtorek miesiąca – po każdej Mszy Świętej prowadzone jest czuwanie przed Najświętszym Sakramentem wraz z modlitwą o uzdrowienie.
Wspólnota prowadzi również całodobowe sms-owe SOS modlitewne dla całej parafii, gdzie każdy może zgłosić swoją intencję, w której podejmujemy modlitwę.
Obecnie uczestniczymy w różnych formach ewangelizacji osobistej i wspólnotowej - naszym głównym zadaniem jest przyprowadzenie ludzi do Boga i do Kościoła, oddanie swojego życia Jezusowi i uczynienie Go swoim jedynym Panem.
Organizujemy też dni skupienia Wspólnoty, uczestniczymy w Dniach Jedności Odnowy w Duchu Świętym Archidiecezji Warszawskiej, we wszystkich czuwaniach Odnowy w Duchu Świętym na Jasnej Górze, zapraszając do wspólnego pielgrzymowania nie tylko członków Wspólnoty, ale również parafian.
Każdego roku jesteśmy zaproszeni do przyjęcia określonego stylu życia, które jest nazywane „Naszym Credo”. Jest to zapis konkretnych przyrzeczeń, które podejmują się wypełniać członkowie Odnowy w Duchu Świętym. Co roku Wspólnota ponawia akt zawierzenia Najświętszemu Sercu Pana Jezusa i Niepokalanemu Sercu Maryi.
Na początku powstania Wspólnoty w spotkaniach uczestniczyło 6 osób - z roku na rok liczba członków Wspólnoty zwiększała się. W latach 1995-2000 w spotkaniach uczestniczyło nawet do 200 osób. Po 2000 roku, w kolejnych latach, do 2018 roku liczba członków zmniejszyła się i wynosiła około 50-60 osób. Od 2018 roku do chwili obecnej liczba członków Wspólnoty to około 25 osób.
Na przestrzeni kolejnych lat zmieniali się zarówno opiekunowie Wspólnoty, jak i liderzy. Przez okres 40 lat osobami odpowiedzialnymi za Wspólnotę było 7 liderów. Obecnie jest ks. opiekun, lider i 6 animatorów, którzy prowadzą Rekolekcje Ewangelizacyjne Odnowy, spotkania modlitewne, modlitwę wstawienniczą, modlitwę o uzdrowienie, modlitwę w trakcie Adoracji Najświętszego Sakramentu w intencji ochrony życia oraz SOS modlitewne. Wspomagamy również wszystkie osoby chore z naszej Wspólnoty. Zarówno liderzy, jak i wszyscy animatorzy do swojej posługi przygotowywali się podczas swoich osobistych Rekolekcji REO (10 tygodni), rekolekcji uzdrowienia wspomnień (rekolekcje zamknięte - 8 dni), Szkoły Animatora (2 lata) i seminarium o posłudze modlitwą wstawienniczą (6 miesięcy). Uczestniczą również w rekolekcjach ignacjańskich. Wszystkie osoby posługujące są zobowiązane do odnawiania rekolekcji przynajmniej co 2 lata. 
W ciągu 40 lat istnienia Wspólnota stała się dla wielu osób miejscem odnalezienia i spotkania żyjącego Boga. Wiele osób doświadczyło i wciąż doświadcza przede wszystkim miłości Boga, nawrócenia, pogłębienia wiary, uzdrowienia duszy i ciała, umocnienia, odzyskuje sens życia, odnawia relacje z Chrystusem i otwiera się na działanie Ducha Świętego. Bycie we Wspólnocie to również czas radości bycia z innymi, wspólnego odkrywania kim jest Bóg i dlaczego warto mieć Go za Przyjaciela.
Niech zatem będzie Bóg uwielbiony w tej Wspólnocie, którą powołał 40 lat temu do istnienia, aby była światłem prowadzącym ludzi do Boga. Niech będzie Bóg uwielbiony we wszystkich kapłanach, których postawił na drodze naszej Wspólnoty! Żywimy nieustanną nadzieję i o to przez moc i prowadzenie Ducha Świętego prosimy Boga, by uczynił nas narzędziem, abyśmy mogli dalej przyprowadzać do Niego tych, którzy Go jeszcze nie znają, aby doświadczyli Jego Miłości, aby Jego Święty Duch działał w nas i poprzez nas. Tak więc „Duch Święty zstąpi na was, otrzymacie Jego moc i będziecie Moimi świadkami” (Dz 1,8). Maryjo, Matko Miłosierdzia, módl się za nami!
Na przestrzeni lat opiekunami Wspólnoty byli: 
1. ks. Józef Pietuszko (1985-1990) – pierwszy opiekun Wspólnoty
2. ks. Bogdan Zieliński (1990-1991)
3. ks. Edward Tomczyk (1991-1993)
4. ks. Rafał Gniazdowski (1993-1994)
Od lipca 1994 roku do sierpnia 1995 roku Wspólnota nie miała księdza opiekuna – przez cały rok trwała modlitwa w intencji powołania nowego księdza opiekuna.
5. ks. Wojciech Skóra (1995-2000)
6. ks. Dariusz Mażewski ( od 2000, przez około 1,5 roku)
7. ks. Stanisław Szlasa (do 2006 roku)
8. ks. Michał Garbecki (2006-2008)
9. ks. Jarosław Hybza (2008-2018)
10. ks. Tomasz Sadłowski (2018-2021
11. ks. Grzegorz Leszczyk (2021-2023)
12. ks. Zbigniew Grygorcewicz (od 2023)